Daniel Moldoveanu este un personaj extrem de controversat care a tras sforile puterii în jurul PDL. Moldoveanu este nașul de cununie al fostului ministru de finanțe Sorin Blejnar, care a fost acuzat că a luat mită 1.2 milioane de euro. Blejnar a scăpat de închisoare, după ce faptele s-au prescris, dar a rămas fără bani.
Daniel Moldoveanu cunoaște foarte bine birourile DNA. El a fost urmărit penal în dosarul ANRP 5 alături de omul de afaceri Adrian Thiess, fostul șef al RA-APPS Georgian Gabriel Surdu, dar și de Alin și Dorin Cocoș, într-un dosar de corupție în care este implicat omul de afaceri Horia Simu. Acesta din urmă, împreună cu Crinuța Dumitrean, fosta șefă a Autorității Naționale pentru Restituirea Proprietăților, au fost trimiși în judecată de DNA în dosarul ANRP 5, care vizează retrocedarea ilegală a unui teren din municipiul Constanța, supraevaluat cu 7,7 milioane euro. Simu a scăpat de condamnare prin prescrierea faptelor în februarie 2024. El a declarat că Daniel Moldoveanu a încasat 25% din despăgubirile de la ANRP pentru terenul din Constanța.VIDEOÎn 2011, Daniel Andrei Moldoveanu a fost audiat de procurorii DNA ca martor în dosarul de corupție de la Portul Constanta, numele său fiind folosit în discuții dintre senatorul Mircea Baniaș și Eugen Bogatu. Procurorii anticorupție susțineau atunci că grupul infracțional organizat care s-ar fi constituit, potrivit procurorilor DNA, în vama Constanta, prejudicia bugetul de stat cu sume între 50.000 și doua milioane de euro la fiecare transport.În 2007, Daniel Moldoveanu a fost numit consilier de stat în cadrul Departamentului Securităţii Naţionale al Administraţiei Prezidenţiale. El a fost vizat de denunțurile făcute de Alina Petre din 2014, fosta noră a lui Virgil Măgureanu. Moldoveanu a fost demis în mijlocul acestui scandal. La acea vreme se discuta despre o relație destul de apropiată a lui Daniel Moldoveau nu doar cu Sorin Blejnar, ci şi cu dispărutul Codruţ Marta şi cu fugarii soţi Nemeş.
Afacerile dezvoltate de Moldoveanu înainte de a deveni şef al Comunităţii Naţionale de Informaţii au continuat şi pe perioada mandatului. Una dintre aceste firme a primit contracte cu dedicaţie din partea Serviciului de Telecomunicaţii Speciale, la conducerea căruia se afla şi atunci, ca şi în prezent, unul dintre generalii lui Traian Băsescu, Marcel Opriş. După ce a terminat contractele cu STS, firma a fost desfiinţată.
LEGĂTURI CONTROVERSATE CU GENERALII COLDEA ȘI DUMBRAVĂ
În 2018, Academia Serviciului Român de Informații „Mihai Viteazu” reclama la CNATDCU pentru plagiat mai multe persoane care au obținut titlul de doctor aici, între care se număra și Daniel Andrei Moldoveanu. Numărul sesizărilor de plagiat făcute de ANIMV împotriva unor persoane cărora le-a acordat titlul științific de doctor în domeniile Științe militare și Informații sau Informații și Securitate națională ajunsese în acel an la 26.La data susținerii tezei, în 2013, Daniel Moldoveanu era consilier pe probleme de securitate al președintelui Traian Băsescu și directorul Oficiului pentru Informații Integrate din cadrul Comunității Naționale de Informații și coordona toți șefii de servicii, printre care Florian Coldea și Dumitru Dumbravă.Daniel Moldoveanu a rămas în continuare cu titlu de Doctor după o decizia a ICCJ din acest an, chiar dacă a plagiat.